Unika Weetebula memiliki sistem organisasi yang menjamin pelaksanaan tata pamong dan tata kelola dengan baik. Organisasi dan tata kerja di Unika Weetebula diatur dalam pedoman Organisasi dan Tata Kelola (Ortala) dengan Nomor 88.A/23/SK/II.A.1/YPNC/VI/2022, tertanggal 21 Juni 2022. Pasal 2 pada Ortala menegaskan bahwa Unika Weetebula merupakan Perguruan Tinggi yang diselenggarakan Yayasan Pendidikan Nusa Cendana (YAPNUSDA). Selanjutnya pada Bab III pasal 3 menjelaskan tentang susunan Organisasi Unika Weetebula yang meliputi:
- Rektor dengan tugas memimpin penyelenggaraan pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat, membina tenaga kependidikan, mahasiswa, tenaga administrasi dan administrasi.
- Wakil Rektor yang terdiri dari Wakil Rektor I, II, dan III. Wakil Rektor I mempunyai tugas membantu Rektor dalam memimpin pelaksanaan pendidikan dan pengajaran, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat. Wakil Rektor II, mempunyai tugas membantu Rektor dalam memimpin pelaksanaan kegiatan di bidang administrasi umum dan keuangan. Wakil Rektor III, mempunyai tugas membantu Rektor dalam memimpin pelaksanaan kegiatan di bidang pembinaan dan pelayanan kesejahteraan mahasiswa.
- Fakultas yang saat ini ada di Unika Weetebula terdiri dari 2 fakultas yakni Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) dengan 7 program studi di bawah ini.
- Program Studi PGSD
- Program Studi Pendidikan Bahasa Indonesia
- Program Studi Pendidikan Matematika.
- Program Studi Pendidikan Fisika.
- Program Studi Pendidikan Keagamaan Katolik.
- Program Studi Pendidikan IPA.
- Program Studi PG AUD.
Fakultas Sains dan Teknologi (FST) dengan tiga program studi di bawah ini.
- Program Studi Peternakan.
- Program Studi Ilmu Pertanian.
- Program Studi Agroteknologi
Pimpinan fakultas adalah dekan dan dibantu oleh wakil dekan. Organ pada fakultas pada pasal 13 Ortala Unika Weetebula menjabarkan struktur fakultas yang terdiri dari: dekan dan wakil dekan; senat fakultas; program studi; bagian tata usaha; laboratorium/bengkel/studio/pembelajaran mikro; dan kelompok jabatan fungsional dosen.
c. Biro sebagaimana yang dimaksud dalam Pasal 4 Huruf d merupakan unsur pelaksana administrasi Unika Weetebula yang menyelenggarakan pelayanan teknis dan administrasi kepada seluruh unsur lingkungan Unika Weetebula. Biro terdiri atas: 1) Biro Manajemen Sistem Informasi dan Akademik (BMSI); 2) Biro Administrasi Keuangan dan Kepegawaian (BAK); 3) Biro Layanan Umum (BLU) dan; 4) Biro Kerjasama dan Pengembangan (BKP).
d. Unit Pelaksana Teknis. Unit pelaksanaan teknis sebagaimana dimaksud dalam Pasal 4 Huruf f merupakan unsur penunjang yang diperlukan untuk penyelenggaraan kegiatan tridharma di lingkungan Unika Weetebula. Unit pelaksanaan teknis terdiri atas: 1) UPT Perpustakaan; 2) Unit Pengembangan Karier; 3) Unit Ikatan Alumni; 4) Unit Kegiatan Kemahasiswaan (UKM); 5) UPT Pengelola Lingkungan Kampus/Ekologi; 6) UPT Campus Ministry.
e. Lembaga sebagaimana yang dimaksud dalam Pasal 4 Huruf e merupakan unsur pelaksana akademik di bawah Rektor yang melaksanakan sebagian tugas dan fungsi di bidang pengembangan pembelajaran dan kemahasiswaan, penjamin mutu, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat. Lembaga terdiri atas: 1) Lembaga Penjamin Mutu (LPM); 2) Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat (LPPM); 3) Lembaga Pengembangan Sumber Daya Manusia (LPSDM); 4) Lembaga Pengembangan Pembelajaran (LP2); 5) Lembaga Matematika Kognitif (LMK); 6) Kantor Internasional.
f. Badan Pengelola Usaha. Bagian Tata Usaha sebagaimana dimaksud dalam Pasal 13 Huruf d merupakan unit layanan administrasi yang berada di bawah dan bertanggungjawab kepada dekan. Bagian Tata Usaha pada Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan terdiri atas: 1) Subbagian Akademik, 2) Subbagian Kemahasiswaan, dan Alumni; 3) Subbagian Umum dan Kepegawaian; dan 4) Subbagian Keuangan dan Akuntansi.
